在特许经营体制下，由于缺乏资产上的完全所有权，企业就缺乏对其不同业务单位的有效管理，因此可能会影响其经营效益。现代特许经营企业通常都是在收取加盟商的一定加盟费的基础上，授权其使用自身的生产技术、品牌形象、管理制度等无形资源。在这种经营体制下，特许经营企业并不拥有其业务单位的所有权，因此，其对各加盟商的管理相对显得比较松散。各个加盟商可能出于自身的利益考虑，在产品种类、市场范围、价格竞争等逾越特许相关规定，造成特许企业的各经营单位之间的竞争，激化他们之间的关系进而损失特许企业的整体利益。还有一个重大的影响，就是难以保证产品的质量，继而损害特许企业的品牌形象。